Gdyński Oddział Zabezpieczenia Marynarki Wojennej jest jednostką zabezpieczenia bojowego, podlegającą bezpośrednio Dowódcy 3 Flotylli Okrętów przeznaczoną do:

• wydzielania sił i środków do obrony i ochrony obiektów i mienia w rejonie rozmieszczenia Dowództwa Marynarki Wojennej;
• wydzielania sił i środków stanowiących wojskową asystę honorową do udziału w uroczystościach zgodnie z ceremoniałem wojskowym;
• zabezpieczania rozwijania i funkcjonowania Grupy Reagowania Kryzysowego Marynarki Wojennej w okresie pokoju i kryzysu.